日本“讀賣新聞”25日在解說版報導，馬英九執政，他的外省菁英領政及權力核心幾無知日派人士等因素，使得馬當局的對日政策是將日本視為“經濟伙伴”，而非陳水扁執政時將日本視為安全保障、共享民主的同盟關系。
臺灣中央社引述“讀賣新聞”報道指出，臺日之間每年往來人次高達兩百四十萬人，這幾年，臺灣人票選最有好感的國家是日本，在親日的陳水扁當局執政下，雙邊關系甚至達到一九七二年“斷交”以來最好的狀態，五月就任的馬英九也表示將循此流向，重視日本。但是本月十日在釣魚臺群島海域，日本巡防艇撞沈臺灣海釣船的事故，導致臺灣對日批判的氣氛增強。
報道說，馬當局受到執政黨國民黨內親中派持對日強硬論者的影響，派九艘海巡艦“侵入日本領海”，宣示臺灣的主權，導致與日本關系緊張，這與李登輝、陳水扁執政時未對日強烈主張釣魚臺主權的情況不同。這也讓外界看到馬當局有著易對日本采嚴格態度的體質。
該文分析指出，其背景是因為國民黨與民進黨的歷史觀不同。國民黨是由曾與日本抗戰過、戰后從大陸渡臺的外省人所領導的政權，因此約兩成的少數派的外省人對日本持嚴格的態度。相對于此，民進黨是以曾接受過日本統治的本省人為主、于八零年代創黨。與本省人相較之下，懷有親日的感情。
該文說，另一點就是馬當局的權力核心幾乎沒有知日派，也攸關其對日政策的走向。馬英九、“行政院長”劉兆玄、“總統府國安會秘書長”蘇起等三人都是在美國取得博士學位的國民黨外省人菁英，與日本關系度較低，這跟李登輝、陳水扁兩位本省人政權特別重視日本的氛圍不同。馬英九就職演說當中，就未言及日本，有別于四年前陳水扁就職演說。
該文又指出，急速改善對中國大陸的關系，也影響到馬當局的對日姿態。有別于陳水扁執政時將中國大陸明確定位為軍事上的“敵人”，馬英九盡量避免批評中國大陸，他采取優先改善兩岸關系。亦即，陳水扁執政時，將日本定位為共享安全保障及民主主義的“同盟”，但馬英九主要是將日本視為“經濟伙伴”。
文章認為，盡管馬英九期待維持對日關系，但“立法院”占有三分之二以上席次的國民黨內，有親中統一派，今后，攸關主權、歷史問題很可能再度擺出對日強硬的姿態。
文中呼吁，日本有必要正視目前臺灣“向中靠攏”的現實及臺灣人對日本懷有復雜情感的實情，認真地與安保上相當重要的臺灣好好建立關系及對話。馬當局要求日本能早日簽訂“臺日自由貿易協定”、“締結漁業協定”等。日本也應趕緊培養臺灣的知日派。
