針對近日在島內炒的沸沸揚揚的臺灣“中研院院長”遴選爭議，臺灣地區領導人馬英九12日表示，“中研院長”的遴選名單是有瑕疵，但好像沒有嚴重到要退回，目前也正在和“中研院推薦”的3人約見面，不管怎么做，都會跟下任領導人蔡英文交換意見。

　　據臺灣“中央社”5月11日報道，馬英九接受臺灣“聯合新聞網”電視節目“全球瞭望”專訪的時候表示，不退回“中研院”的遴選名單是否基于尊重“中研院”。馬英九承認，“中研院”內與臺灣社會上有主張退回名單的聲音，但強調“中研院”內部也有不同聲音，而且為數還不少，可見這在他們內部還沒形成共識。

　　馬英九表示，“總統府”、“中研院”以及“行政院”人事部門都仔細研究過，這個過程是否瑕疵大到必須要退回，最后大家的共識是，好像沒這么嚴重，確實是有瑕疵。

　　馬英九表示，他們想要改變投票制度，當天在現場提出來討論后決定采取，67個人當中贊成的是65人，另外兩位是廢票，在這種情況下，可能還沒有到達退回的條件，“總統府”也不能違法來做這個決定。

　　馬英九稱，既然不退回，那就應該把“中研院”推薦的3個人選請回臺灣來，與他們當面交換意見，然后再來做決定;他在信上也說，時間允許的話，我們自己做決定，或者不管怎么做，會跟下一任領導人(蔡英文)商量、交換意見，請教她，然后再做決定。

　　馬英九表示，如果時間實在真的不夠，也許不是由他做決定。無論如何，開始啟動這個過程以后，就不能停下來。

　　馬英九也透露，已經開始與3位候選人約見面，希望能在這個星期內與他們見面，目前已經約到兩位，第三位正在約。

　　候選人之一，現在擔任香港城市大學校長、也是馬英九中學同學的郭位曾經宣布退出，馬英九說，“中研院”送來的名單還是三位，因為郭位宣布退出是在投票后，所以投票還是有效。