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李建生表示，根據海協會與臺灣海基會簽署的《海峽兩岸海運協議》，原已從事砂石運輸的兩岸資本的方便旗船（權宜船），經特別許可，可按照協議有關船舶識別等規定，從事兩岸間海上直接運輸。
他介紹說，交通運輸部于12月12日發布公告，為所有申請從事兩岸運輸的公司和船舶辦理《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》。截至31日，已向21艘臺灣資本或臺灣船公司經營的船舶核發了營運證，其中包括5艘運輸天然砂船舶、3艘運輸普通砂石船舶、10艘集裝箱船、2艘雜貨船、1艘化學品船，結果已通過交通運輸部官方網站向社會公布。
李建生表示，交通運輸部水運司在受理申請時，嚴格遵循平等參與、有序競爭、雙向直航、互惠互利的原則，對兩岸公司和船舶適用的市場準入標準是統一的，不存在所謂封殺臺灣船舶的問題。目前還有一部分臺灣公司尚未向交通運輸部遞交申請，希望相關船公司盡快按照公告規定辦理相關手續，避免給外界帶來不必要的猜疑和誤解。
他說，兩岸海運協議的簽署和實施，為擴大和深化兩岸經濟合作和人員往來注入了新的活力。協議規定的許多內容，如兩岸對運力的調控、口岸管理、船舶技術檢驗標準、搜救合作等，還需要雙方通過協議規定的聯系主體盡快協商和細化，建立協調機制，共同努力把協議落到實處。
